9 февраля 1844 г. в Санкт - Петербурге в семье литературно- театрального деятеля и преподавателя истории Второго кадетского корпуса
Фёдора Алексеевича Кони и актрисы Ирины Семёновны Юрьевой родился второй сын, Анатолий.

Его отец Фёдор Алексеевич Кони (1809-1879гг) был сыном московского купца, получил довольно широкое образование.

Будучи студентом медицинского факультета Московского университета он одновременно посещал лекции на словесном факультете вследствие, чего у него появился большой интерес к литературе и особенно к драматургии. Уже тогда
Ф.Кони перевёл с французского языка драму Виктора Дюконжа «Смерть Каласа», которая 1830 г была поставлена на сцене Московского императорского театра.
Успех пьесы был замечен директором императорских театров Ф.Какошкиным, советы которого побудили Ф.Кони посвятить себя драматической литературе и изучению теории и истории искусства.

В 1836 г. Ф. Кони переезжает из Москвы в Петербург, где занимает должность преподавателя истории во Втором кадетском корпусе. Здесь Ф.Кони написал своё большое произведение «История Фридриха Великого» за которое позже Иенский университет возвел его в степень доктора философии. Однако главным занятием Ф.Кони была журналистика. Он редактировал и издавал
«Литературную газету», журнал «Репертуар и Пантеон». Им написана фундаментальная книга «Русский театр, его судьба и его историки». Водевили
Ф.Кони неоднократно издавались и в годы Советской власти.

Мать Анатолия Фёдоровича Кони Ирина Семёновна Юрьева, по сцене
Сандунова (1811-1891гг),-актриса и писательница - родилась в семье помещика
Полтавской губернии. В 1837г. под влиянием своего родственника, известного в то время писателя А.Ф.Вельтмана, она издала свой сборник рассказов.
Вскоре после этого она поступила на императорскую сцену - сначала в Москве, а затем связи с замужеством в Петербурге, где выступала на сцене более 15 лет, талантливо исполняя преимущественно комические роли. Ирина Семёновна сотрудничала в «Литературной газете» и в других изданиях, опубликовала ряд повестей.
Крёстным отцом А.Кони был известный писатель, первый русский исторический романист И.И.Лажечников, он был знаком с А.С.Пушкиным, который приветствовал его литературную деятельность.

В семье, где часто бывали лучшие представители театра и литературы 40-50- х годов 19 в., Анатолий научился любить художественное слово и почерпнул веру в искусство и литературу. От матери и отца он унаследовал литературный талант, серьёзное отношение к театру, любовь и уважение к его деятелям.
Юный Кони встречался с Некрасовым, Григоровичем, Полонским и многими видными литераторами того времени. Частыми гостями семьи Кони были известные артисты, художники, журналисты.

Отец и мать А.Кони были люди полные любви к просвещению, впитавшие в себя идеализм 40-х годов прошлого века.

Начальное образование Анатолий получил в доме родителей. И мать, и отец, воспитывали детей, требовательно относились к ним , прививали им уважение к самостоятельному труду, почтение к старшим. Вспоминая годы детства , А.Ф.
Кони приводит такой эпизод: «Жил у нас лакей Фока. Человек огромного роста.
Он меня любил чрезвычайно и в свободные минуты объяснял мне по-своему законы физики и механики, стараясь подтвердить свои слова опытами, всегда , впрочем, неудачными. Не могу припомнить по какому случаю мне показалось , что он меня обидел, и я, в пылу гнева, назвал его дураком. Это услышал отец из своего кабинета и, выйдя, больно наказал меня и позвав затем Фоку, приказал мне стать перед ним на колени и просить прощения. Когда я это исполнил, Фока не выдержал, тоже упал передо мною на колени, мы оба обнялись и оба рыдали на весь дом».(1.)
Увлекаясь учением немецкого философа Канта, Ф.А.Кони и в воспитании сыновей следовал Кантовскому правилу: человек должен пройти четыре ступеньки воспитания- обрести дисциплину; научится себя вести; стать морально устойчивым. Всё это прививалось юноше. Главной же целью воспитания было научить детей думать.

С 1855 по 1858 гг. Анатолий учился в немецкой школе при церкви св. Анны на Кирочной улице Петербурга и получал в основном такие оценки: «хорошо»,
«очень хорошо», «довольно хорошо». 1856 г. при отличном поведении он получил 14 поощрений, в 1857г. -12.(1.) в 1858 г. А.Кони переходит в четвёртый класс второй Петербургской гимназии.
Вначале учёба в гимназии шла с некоторым напряжением и неровно, но в последствии всё лучше, и в1859-1861гг. Знания по всем предметам были оценены на «отлично». По решению Совета гимназии Кони были вручены похвальные свидетельства-«Грамоты первого достоинства». В грамотах указывалось, что они выданы» для предъявления родителям».(2.)

Занятия в гимназии Анатолий сочетал с углублённым изучением истории
России , он интересовался русской и зарубежной классической литературой, участвовал в издании рукописного журнала «Заря». Но больше всего его занимала математика. К нему на консультации шли многие гимназисты, и в последний год учёбы в гимназии Анатолий имел учеников по математике.

Директор второй Петербургской гимназии Никита Власов знакомил гимназистов с произведениями выдающихся писателей Гончарова, Тургенева и др.. Тем , кто нуждался, Н.Власов помогал доставать уроки как репетиторам или подготовителям для поступающих в гимназию.(1.) с теплотой вспоминает А.Ф.Кони учителей, оказавших большое влияние на гимназистов, и среди них любимого учителя истории В.Ф.Эвальда: «Его доброе и отчасти насмешливое отношение к ученикам было соединено с увлекательным изложением предмета. Мы ждали его урока и слушали его с радостным чувством».(2.)

Будучи гимназистом, А.Кони посещал лекции знаменитых профессоров
Петербургского университета, жадно следил за отечественной и зарубежной литературой. «Вступление в юность (16-20 лет) совпало для меня, - пишет
Кони, - с удивительным расцветом русской литературы в конце 50-х и начале
60-х годов».(1.) В начале своей жизни Анатолий Фёдорович увлекался произведениями старшего поколения русских классиков, а затем долгие годы дружил и часто встречался с ними.

В гимназические годы Анатолий жадно вчитывался в произведения
И.С.Тургенева, сыгравшего по словам Кони, «влиятельную роль в умственном и нравственном развитии людей моего поколения».(2.) До Тургенева молодое поколение в русских городах - дети чиновников, купцов, людей свободной профессии имело смутное представление о народе, русских крестьянах и бесправных условиях их жизни. Тургенев же своими «Записками охотника», а вслед за ними Некрасов поэмой «Кому на Руси жить хорошо» познакомил эту молодёжь с «сеятелем и хранителем» русской земли, дали возможность заглянуть в его душу и оценить тот тихий свет, который в ней горит, понять и полюбить его».

Можно безошибочно утверждать, что любовь к Пушкину и русскому языку появилась у Анатолия Фёдоровича в результате сильного влияния со стороны
Тургенева и Некрасова.

«Посвятив бессмертному гению Пушкина своё произведение «Нравственный облик Пушкина», А.Кони уже в юные годы понял, что Пушкин был преисполнен подлинного чувства и искания правды, а в жизни правда проявляется прежде всего в искренности в отношениях с людьми, в справедливости при обращении с ними. Этому принципу А.Кони следовал всю жизнь».(2.)

Не меньшее влияние на Анатолия Кони оказал И.А.Гончаров. «С мыслью о
Гончарове скажет уже в зрелые годы А.Кони, -связывается у меня благородное воспоминание впечатления юных лет в незабвенные для русской литературы времена, когда в конце пятидесятых годов, как из рога изобилия, сыпались чудные художественные произведения , когда появились «Дворянское гнездо» и
«Накануне», «Тысяча душ» и «Обломов», «Горькая судьбина» и «Гроза»»,(1.)

По словам Кони, Гончаров, стремился изобразить истинную природу русского человека, его национальные свойства независимо от общественного положения.

За годы, проведённые в гимназии, Анатолий обогатился разнообразными знаниями. Он начал задумываться о своём дальнейшем образовании. Занятия репетиторством убедило Кони в том, что его удел - математика.

« В мае 1861г. несколько питомцев Второй Петербургской гимназии решили уйти из шестого класса гимназии и поступить в Петербургский университет. Ещё гимназистами многие из них ходили на блестящие чтения известного русского историка Н.И.Костомарова и в мечтах уже были в университетских стенах».(2.) О лекциях Н.И.Костомарова у Анатолия
Федоровича сохранились самые лучшие воспоминания. В 1925 году в письме К академику С.Ф.Платонову он писал: «Ещё гимназистом в 60 году и затем студентом математического факультета в 61 году ходил я жадно слушать его увлекательные, богатые образами и цитатами лекции, а затем по закрытии
Университета слушал его публичные лекции об Иоанне IV в зале Городской думы...Когда, уже В Москве, в 63 году, я прочёл объявление о входе в свет
«Северорусских народоправств», я так возжаждал иметь эту книгу, что, несмотря на своё скудное студенческое житиё, подверг себя большим лишениям, чтобы через два месяца имел радость погрузится в её чтение. Это были незабываемые часы; и до сих пор , глядя на неё, стоящею в шкапу перед моим рабочим столом, я смотрю на неё, как на верного друга моей юности, и сам
Костомаров восстаёт передо мною как живой».(1.)

Для того чтобы раньше времени поступить в университет, нужно было держать экзамен в качестве лица, получившего домашнее воспитание, в особой испытательной комиссии. В течении семи дней предстояло держать экзамены по всем предметам гимназического курса, выбирая для этого любые дни. Экзамены принимали учителя гимназии, но под председательством профессоров университета. По итогам экзаменов А.Ф.Кони был зачислен студентом на математический факультет по чисто математическому разряду.

В декабре 1861 г. Петербургский университет был закрыт на неопределённый срок из-за волнений студентов. К этому времени А.Кони успел прослушать не более 20 лекций по математике. Заниматься математикой самостоятельно, на дому, было нелегко, и Кони начал подумывать о переходе на другой факультет. Как-то в семье своих знакомых он встретился с двумя юристами, служившими в ведомстве Министерства внутренних дел. Оба они отличались весьма либеральными взглядами и были захвачены идеями предстоящей судебной реформы. Эта встреча глубоко запала в душу Анатолия и заставила его усомниться в правильности рекомендаций отца в отношении учёбы на математическом факультете Он всё больше склонялся к тому, чтобы оставить занятия математикой. В записках А.Ф.Кони за 1912 г. есть такое признание: «В гимназии я много занимался математикой уверил себя, что люблю её, смешивая трудолюбие со способностью».(1.)

В связи с закрытием Петербургского университета профессорам юридического и филологического факультетов было разрешено при посредстве особого организационного комитета открыть ряд публичных курсов. Но вскоре они были запрещены. Начались поиски юридических книг. В библиотеке отца таких книг не оказалось. В книжной лавке на Литейном Кони приобрёл произведение известного профессора Д.И.Мейера «Русское гражданское право
.Часть общая.». Многие годы спустя Анатолий Фёдорович отметит в своих воспоминаниях: «Эта книга решила судьбу моих дальнейших занятий, и владельцу маленькой лавочки...был бессознательным виновником того, что я сделался юристом».(1.)

Летом 1862 г. Министерство народного просвещения объявило, что петербургский университет не будет открыт в следующие учебные годы. Не желая терять времени, Кони решил поступить в другой университет, и выбор пал на Московский. Лекции на публичных курсах окончательно укрепили решимость Анатолия стать юристом, а в августе 1862 г. он записался в число студентов второго курса юридического факультета Московского университета.

Здесь А.Кони целиком ушёл в науку. Будущий юрист стремился обогатится разнообразными знаниями. Живя в Москве, Анатолий установил контакты с литературно-театральными деятелями, хорошо знавшими его родителей. Занятия в университете помогали Кони приобрести прочные юридические и философские знания, а личные знакомства с деятелями культуры поддерживали в нём живой интерес к разнообразным явлениям нравственной, общественной и государственной жизни.

Переезд в Москву дал Возможность Анатолию обрести полную независимость: он живёт на частной квартире снимая комнату, отцу категорически запрещает посылать ему деньги на расходы.